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Se cuantificó el carbono almacenado en la fitomasa aérea (biomasa viva y mantillo) de diferentes sistemas agroforestales de café en la zona Pacífico Sur de Costa Rica. Se desarrollaron relaciones alométricas para estimar la biomasa de dos especies maderables y muestreos aleatorios para evaluar la biomasa de café, mantillo y una especie arbórea de servicio. En comparación con un sistema de Coffea arabica en monocultivo a pleno sol de 14 años, un sistema de C. arabica (14 años) sombreado por Eucalyptus deglupta (siete años) aumentó el almacenamiento de C en la fitomasa por encima del suelo en 17 t ha exponente -1. Este valor correspondió a la biomasa aérea de los árboles (14 tC ha exponente -1) y al incremento de la capa de mantillo desde 1,2 tC ha exponente -1 bajo café a pleno sol hasta 4,2 tC ha exponente -1 bajo E. deglupta. Además, en una comparación de sistemas agroforestales de café de cuatro años, la especie forestal que más C almacenó en su biomasa aérea fue Terminalia ivorensis (12,4 tC ha exponente -1), seguida por E. deglupta (5,3 tC ha exponente -1) y Erhthrina poeppigiana (4,4 tC ha exponente -1).